7 maja 558 roku był dżdżystym dniem. Mieszkańcy Konstantynopola jak tylko mogli starali się unikać wychodzenia na zewnątrz, by uniknąć zmycia przez ścianę wody. Jednak poza wilgocią i rzekami z nieba nic nie wybijało się ponad normalny dzień. Jednak nagle, bez ostrzeżenia, ziemia zaczęła drżeć. Ludzie w przerażeniu przyglądali się jak pajęczyny pęknięć rozprzestrzeniają się po murach i drogach, zaś zwierzęta ryczą w panice. Całość tego pandemonium kończy się po mniej więcej trzech minutach, gdy świat wraca do ciszy, jakby natura udawała, że nic się nie stało. Ludzie wybiegali szybko z budynków, jakby zapominając o niebiańskim natrysku – trzeba było ocenić straty, a i mało kto chciał ryzykować zawalenie się sufitu na głowę. Straty były niewielkie i sytuacja zaczęła wracać do normy. Wtem miasto rozerwał straszliwy huk. Ku zaskoczeniu wszystkich nie był to ponowny wstrząs, lecz dźwięk dochodzący gdzieś z miasta. Mieszkańcy obracali się chaotycznie, próbując znaleźć źródło. W końcu orientowali się – zniknęła wielka kopuła. Hagia Sophia straciła swoją koronę.
Kościół Mądrości Bożej został powołany do życia już w 360 roku, jednak swoją właściwą światłość osiągnął w 537, za panowania cesarza Justyniana I Wielkiego, który odbudował przybytek po powstaniu Nike. Gargantuiczna jak na swoje czasy budowla budziła podziw i zazdrość całego świata, będąc miejscem docelowym pielgrzymek, katedrą patriarszą i miejscem bezpośrednio związanym z sercem Bizancjum, bowiem to w niej koronowano kolejnych cesarzy.
Niestety, budynek nawiedzały cyklicznie różne nieszczęścia – pożary, zawalenia czy kruszenie się fundamentów zdarzały się wielokrotnie na przestrzeni wieków. Zdecydowanie najstraszniejszym było tragiczne trzęsienie ziemi, w wyniku którego ogromna kopuła, wieńcząca cały projekt, zawaliła się do środka budynku. Jednak dzięki interwencji władz i pomocy mieszkańców, którzy widzieli w tym symbol miasta, element jego duszy. Nie był to niestety ostatni raz, kiedy kopuła runęła na wskutek działań tektonicznych.
Dzieje świątyni łączą się z dziejami miasta – gdy Konstantynopol uległ Turkom Osmańskim w 1453 roku, Wielki Kościół został zamieniony w Wielki Meczet. Nie zniszczyli jednak chrześcijańskich korzeni świątyni, a uszanowali je, zakrywając bezcenne mozaiki, by nie prowokować nikogo. W XVI wieku rozbudowali jeszcze świątynie o potężne murowane minarety, które są dziś nieodłącznym elementem wyglądu świątyni.
